引言
新药研发通常具有成本高、周期长和成功率低的特点。通过大量化合物的实验筛选来发现作用于数千种潜在治疗靶标的活性化合物既费时又费钱。而虚拟筛选能帮助我们大大减少进行实验的分子数量,省时省钱。在本文中,三位药物设计领域专家着重介绍了基于配体筛选的和基于结构筛选在线工具,并简要列举了一些相关的研究案例,让科研人员能够确定最适合其需求的筛选服务。此外,这篇文章对致力于开发新颖方法或新颖界面的计算机科学家也具有参考价值。
生命科学与先进技术之间的不断相互作用,推动着化学数据的循环增长。这些数据通常存储在开放或半开放的数据库中,现在已开发出许多不同的算法来操控和分析这些生物活性数据。其中,虚拟筛选方法是药物研究中最流行的计算方法之一,一些Web工具可帮助科学家进行虚拟筛选实验。基于Web工具不仅有助于设计生物活性分子和药物重定位,而且还能对新想法和新假设进行即时探索研究,同时也有助于药物开发领域的教学。
在本次调查中,提供在线虚拟筛选服务的主要国家(年2月有效的URL),按字母顺序分别是:奥地利,澳大利亚,巴西,加拿大,中国,捷克共和国,丹麦,法国,德国,印度,以色列,意大利,日本,波兰,厄瓜多尔共和国,大韩民国,沙特阿拉伯,西班牙,瑞士,荷兰,土耳其,英国和美国。LBVS的主要方法是2D相似度搜索,药效团,QSAR模型和形状/字段比对。SBVS主要涉及对接,各种打分方法或自由能的计算。(如图1所示)
图1在线虚拟筛选。全球范围内提供Web虚拟筛选服务的研究实验室。
图片来源BriefingsinBioinformatics
本文概述了支持化学生物学和早期药物发现的互联网资源,重点介绍基于配体筛选和小分子对接的Web服务(见表1、表2)。
表1LBVS的Web工具
表2SBVS的Web工具
文章关键点:
1、介绍LBVS和SBVS的Web服务。
2、根据对工具的描述,实验人员应该能够确定最适合其需求的筛查服务。
3、此报告对致力于开发新颖方法或新颖界面的计算机科学家也具有价值。
爱菩新医药专注开发各类化学信息学系统,已开发药物虚拟筛选系统、药物靶点预测系统,支持2D、3D相似度搜索和靶点预测,3D相似度算法(WEGA)获美国专利授权,系统内置各类不同规模筛选库(几万~几百万化合物),并支持各类化学数据库的定制服务,帮助您更快更便捷地找到命中化合物,欢迎